环境监测与污染治理研究所成立于2012年3年（原为生物与环境研究所），学科属环境科学与工程学科。环境科学与工程学科是安徽工程大学第一批重点建设学科，2006年获批环境工程二级学科硕士点，2011年教育部批准设立环境科学与工程一级学科硕士点，拥有“环境工程省级特色专业”、“省级卓越环境工程师”和“省级专业综合改革试点”等教研平台及省内外知名环保企业共建工程协同创新中心或研究中心。

研究所以习近平生态文明思想为指导，面向“长三角一体化”经济发展需求和环境科学与工程前沿，整合安徽工程大学校内科研力量，发挥工科高校优势，力求形成多学科交叉、理论与实践相结合、工艺与工程相结合的特色。

主要研究方向是废水深度处理技术及资源化、环境功能材料与污染治理技术和污染环境的生态修复理论与技术研究等。

研究所现有研究人员18名，其中教授6名，副教授 6名，具有博士学位的研究人员12 名。近年来在新型催化吸附材料研制、人工湿地污水污泥处理、水资源及水环境规划、难降解高浓度有机废水处理、矿区废水零排放和原位治理等领域的研究成果显著。近5年来，承担包括国家自然科学基金、省部级纵向科研项目20多项及企业科技服务项目10多项，在国内外学术刊物上发表论文200余篇，其中SCI/EI收录30余篇。申请发明专利30多项，获授权发明专利20多项，科研成果转化5项，相关产学研经费600余万，可支配科研经费300余万。